1. les risques liés aux produits phytosanitaires (ou pesticides)

Dès les années 60, des analyses scientifiques ont montré l'impact des pesticides sur l'environnement, mais ce n'est que dans les années 90 qu'il a été réellement pris en compte. Ceci résulte en partie de trois phénomènes : la nature des produits, une méconnaissance de la pollution du fait de la difficulté de la mesurer et enfin, le nombre d'utilisateurs de pesticides.

Par suite de la banalisation de l'usage des pesticides, mélange de substances actives, d'adjuvants et de charge inerte, une forme de pollution plus complexe que celle lié aux nitrates est apparue. Pour Giovanni (1998), "il y a lieu de parler de micropollution généralisée (atmosphère, sols, eau, sédiments, êtres vivants) du fait du nombre élevé de molécules en cause, de leur diffusion aléatoire dans les milieux divers et les difficultés à les quantifier (du nanogramme à quelques microgrammes) comme de les arrêter entre le champ et le robinet ou la mer".

Les substances les plus souvent décelées dans les rivières sont des insecticides du sol et des herbicides utilisés dans la culture du maïs, des céréales ou l'entretien de zones non cultivées.

Les conséquences de la contamination par les pesticides sont extrêmement complexes puisque bien qu'utilisées a priori contre des organismes-cibles particuliers, les pesticides sont susceptibles d'exercer une activité toxique vis-à-vis d'autres organismes-non-cibles. Le problème est d'autant plus important qu'il s'agit de substances xénobiotiques (dont l'objectif est de tuer) et que lors des traitements phytosanitaires, 40 à 75 % des quantités épandues tombent au sol ou se volatilisent, les molécules pouvant atteindre plus ou moins vite les fossés puis les ruisseaux.

Difficiles à étudier dans les milieux naturels, les effets des pesticides sur l'environnement dépendent de la multiplicité des substances utilisées dont l'importance n'est pas seulement corrélée aux quantités, mais aussi à un ensemble de facteurs chimiques et physiques : le ruissellement, la solubilité, la durée de vie (indicateur de demi-vie), l'absorption (KOC, grandeur qui permet de comparer les sols à partir du coefficient de partage entre carbone et eau), la volatilité et les réactions à l'ionisation et de dégradation (métabolites, c'est-à-dire la décomposition de la molécule–mère en d'autres molécules, qui sont tout aussi toxiques). L'ensemble de ces paramètres montre qu'il existe une variabilité d'impacts possibles des pesticides sur l'environnement.

Enfin, la variété d'utilisateurs (agriculteurs, SNCF, collectivités locales, particuliers…) constitue aussi une source de difficulté quant à la mise en place d'actions de limitation des impacts des pesticides.

Comme on peut le voir, la problématique des pesticides ne s’apparente pas à celle des nitrates. Dans ce dernier cas, c’est plus particulièrement l’agriculture, tenue pour responsable à hauteur de 80% des dégradations liées à l’usage excessif de fertilisants azotés, qui est visée. Ce n’est pas le cas pour les produits phytosanitaires. En effet, les produits phytosanitaires utilisés pour l'agriculture ou pour des activités non-agricoles, du fait de leurs caractéristiques, évoluent différemment suivant que les molécules sont plus ou moins mobiles et/ou rémanentes. L'atrazine est mobile, le lindane l'est moins. La réalité du problème semble donc plus complexe que dans le cas de la pollution par les nitrates.

2. Sources de pression : les risques liés à la consommation d’eau

Outre les questions de la qualité de l’eau, la ressource en eau reste encore très sollicitée par l’activité agricole. Les volumes d’eau consommés par l’irrigation représentent sur l’année environ la moitié des volumes totaux consommés et atteignent 80% de ceux consommés pendant la période estivale, qui est la période la plus sensible pour les milieux naturels. La consommation d’eau pour l’irrigation est concentrée dans le sud de la France : 74 % de celle-ci est localisée dans les bassins Adour-Garonne et Rhône-Méditerranée-Corse. Environ 1,5 million d’hectares (soit 5% de la Surface Agricole Utile) sont aujourd’hui irrigués en France, la superficie équipée s’élevant à 2,5 millions d’hectares. Plus de la moitié de la surface irriguée est dédiée à la culture du maïs.