L’atmosphère peut être polluée par certains microorganismes, nocifs par leurs caractéristiques pathogènes. On peut citer dans cette catégorie la légionelle, qui peut se développer dans les installations d’eau chaude et les tours aéroréfrigérantes industrielles, ainsi que les amibes, qui peuvent se développer plus rarement dans certaines tours aéroréfrigérantes.