La santé humaine est affectée par la biodiversité, indirectement et directement, par les changements d'état des services des écosystèmes. La dégradation des services écosystémiques a exacerbé pour beaucoup la pauvreté, menant à la malnutrition, au manque de sources d'eau propres et d'hygiène, et à d'autres complications de santé. Les conséquences incluent l'apparition de maladies infectieuses et la perte d’éléments médicinaux potentiels issus de la nature. Bien que les secteurs recelant une biodiversité plus élevée contiennent habituellement une plus grande diversité de pathogènes, cette plus grande diversité agit également comme un tampon protégeant du risque de maladie, par le plus grand nombre d’hôtes, vecteurs ou réservoirs, de prédateurs et de concurrents qui aident à maintenir l'équilibre écologique des pathogènes. Les maladies qui peuvent être influencées par des fluctuations dans les populations des espèces incluent la maladie de Lyme, Cutaneous leishmaniasis, la maladie de Chagas, et la peste. En outre, la perturbation des habitats peut influencer la transmission de la maladie de plusieurs façons, y compris le contact accru entre les humains et les vecteurs de la maladie, et ainsi un risque plus grand de transmission des maladies infectieuses. Les perturbations des écosystèmes créent souvent de nouveaux habitats pour les vecteurs de maladie.