L’étude hydrogéologique a permis de mettre en évidence les rapports plus ou moins étroits entre les différents magasins aquifères :
- La nappe plio-quaternaire, très vulnérable aux pollutions superficielles, sert de relais pour l’alimentation des nappes miocène et oligocène, plus ou moins immédiatement sous-jacentes;
- La nappe miocène possède un axe de drainage privilégié, "le talweg du ruisseau Saint Paul" et en période de hautes eaux, des écoulements plus rapides sont localisés au droit du lieu-dit Pinson (alimentation du ruisseau par la nappe);
- L’aquifère oligocène aussi "saigné" localement par le talweg, est soumis à un régime karstique ce qui génère localement des circulations d’eau souterraine très rapides, ainsi que le démontre le traçage effectué;
- Des secteurs d’alimentation de ce même aquifère oligocène sont repérés aux environs de Pégot, et Creille et au SSE du bourg de Vilmot vers les lieux-dits "Gardon", "Camingue" et "Leval". L’exploitation des forages AEP proches de ces zones d’alimentation parfois directe induit une dépression piézométrique privilégiant une pollution potentielle;
- La pollution bactérienne est détectée constamment dans les eaux du forage n°4 (Creille) et épisodiquement dans celles des forages n° 99 (Kristen) et n° 2 (Moisaux);
- Les substances chimiques indésirables (notamment les pesticides) polluent non seulement les eaux de surface mais aussi les eaux profondes, après les traitements printaniers sur les exploitations agricoles. Ainsi, les précipitations enregistrées au cours de l’hiver et du printemps, (cf. histogrammes pluviométriques) entraînant un important lessivage, la recharge des nappes par infiltration n’est pas exempte de pollution.
La détection de ces produits toxiques, bien que moins fréquente dans les analyses de septembre 1994, persiste dans les échantillons d’eau prélevés en aval du bourg de Vilmot, où les formations oligocènes sont affleurantes ou subaffleurantes et où les jaugeages ont mis en évidence des zones de pertes dans le ruisseau Saint Paul. Bien qu’il n’ait pas été calculé de bilan hydrogéologique en 1994 pour le bassin versant du Saint Paul, l’abaissement piézométrique des dernières années montre l’apparition de cotes négatives persistantes au niveau de Magellan-Erpey (forage n° 83), ce qui inverse les flux vers l’ouest .